La orca pigmea Feresa attenuata puede ser confundida en el mar con la orca enana Peponocephala electra, conocida también como orca cabeza de melón, especie cuya presencia aún no esta confirmada en Canarias. Ambas tienen una distribución geográfica parecida y son similares en tamaño y forma por lo que puede ser que algún avistamiento de orca pigmea lo sea de peponocephala. No obstante en los avistamientos puede ser de utilidad para diferenciarlas la forma de la cabeza (más "afilada" en peponocefala), la forma de las aletas pectorales (puntas redondeadas en la orca pigmea y puntiagudas en la peponocefala) y la coloración oscura que es más uniforme en la orca pigmea. La peponocefala muestra una zona clara desde el aventador hasta la punta del rostro que contrasta con la máscara oscura de la cara.

En los ejemplares varados se simplifica la diferenciación debido al diferente número de dientes que presentan ambas especies. La orca pigmea tiene entre 8-11 pares de dientes en las maxilas y de 11-13 pares en las mandíbulas. La peponocefala muestra entre 20-25 pares en cada dentario.